La historia comienza en una isla al noroeste de Madagascar donde Nathan y Sam Drake huyen de una persecución en bote, luego regresa al año 1991, un año antes de la aventura de Drake en Cartagena de Indias ocurrida en 1992, al orfanato San Francis en la ciudad de Nueva York. En el año 2001, Nathan se encuentra en una cárcel panameña con su hermano, quien después de un intento de fuga, lo ve morir.

En 2016, Nathan está casado con Elena Fisher y viven en Nueva Orleans, pero su hermano muerto aparece y le cuenta como sobrevivió y escapó de la cárcel de Panamá 15 años después. Sam tiene un plazo de tres meses para encontrar el tesoro de Henry Avery y darle una parte a Héctor Alcázar, un conocido narcotraficante y líder de un cartel panameño. Para conseguirlo, ambos viajan a Italia, Escocia y finalmente Madagascar.

El último capítulo del juego trascurre en el año 2026, donde Cassie Drake, la hija de Nathan y Elena, vive con sus padres en las playas del Yucatán